土地を買った目的が居住用建物の宅地として買ったものであり、購入時に既に建物が建築されているのであれば目的である建物敷地としての利用ができているのであれば土地に瑕疵があるとは言えないと解釈された。
ただし、前提として土地購入にあたり契約書に土地について瑕疵担保責任の範囲記述があればそれにより瑕疵担保責任の範囲や責任の程度、損害賠償請求の対象など裁量判断がかわり論点になりますので土地購入時売買契約では特約条項をきちんと確認し理解しておくことが重要になります。

地中の埋設物や廃棄物等が発見された際の瑕疵や不適合責任についてはそれがより自然に存するモノなのか？あるいは近いモノなのか？人工的ブツであったとしてもその存在が売主の故意や過失を疑うモノであり且つその存在により土地を買った目的を達成することができない場合や達成するために通常発生しない費用が新たに発生することになるか否かの判断がされると思われます。
仮に自然石等のブツではなく廃棄物らしき存在あったとしても土地の使用収益目的を達せられる場合は瑕疵に該当すると認められないことがあります。

地中埋設物が発見された場合、その存在が土地の瑕疵にあたるか？否か？については、買主が売買の目的に沿って利用できるか？どうか？契約の内容に適合しているか？の点について判断されます。